Sự ra đời của một đơn vị công tác bao giờ cũng từ yêu cầu công việc và có hoàn cảnh thực tế. Lý do NAFIQACEN ra đời cũng không phải ngoại lệ. Tuy nhiên, tổ chức này có mặt vào thời điểm đó mang một ý nghĩa rất đặc biệt. Gắn với nó, làm nền và hậu thuẫn cho thành công trong công việc của nó là một tư duy mới, một phương pháp luận mới, và một cách làm mới về chất lượng và vệ sinh thủy sản (sau này, đã mở rộng ra tất cả các nông sản thực phẩm).
NAFIQACEN đã góp sức để ngành thủy sản nhanh chóng bắt kịp được xu hướng hội nhập quốc tế về an toàn vệ sinh thực phẩm hình thành từ cuối những năm 1980, được chuẩn bị kỹ lưỡng để áp dụng vào thủy sản Việt Nam đầu những năm 1990 (2), đưa ngành thủy sản đi tiên phong chủ động đáp ứng các yêu cầu nghiêm ngặt của hoạt động thương mại quốc tế liên quan đến an toàn vệ sinh thực phẩm thủy sản nói riêng và nông sản nói chung trong quá trình hội nhập của Việt Nam, bắt đầu từ thị trường đòi hỏi khắt khe nhất – thị trường Liên minh châu Âu (EU).
Quan hệ ngoại giao Việt Nam – EU được thiết lập cuối tháng 11/1990. Tháng 7/1995, hai bên ký “Hiệp định khung Hợp tác, thiết lập các nguyên tắc cơ bản nhằm thúc đẩy quan hệ kinh tế, thương mại giữa hai phía”. Giai đoạn này, ngành thủy sản được Đảng và Nhà nước chủ trương ưu tiên xây dựng thành ngành kinh tế mũi nhọn (1992) và khởi đầu những đổi mới quan trọng.
Trong thương mại thủy sản, EU – với thị trường đang nhất thể hóa của mình – đòi hỏi các nước xuất khẩu xây dựng và thực thi các luật, quy tắc đảm bảo an toàn thực phẩm tương đương với các chuẩn mực vệ sinh áp dụng tại EU, lấy Phân tích mối nguy và xác định các điểm kiểm soát nóng (HACCP) làm cơ sở tiếp cận; sản phẩm phải được sản xuất trong các điều kiện tương đương như các doanh nghiệp của EU; và phải có một cơ quan đủ thẩm quyền (Competent Authority) về quản lý chất lượng làm đối tác tin cậy của các cơ quan tương ứng của EU.
NAFIQACEN thực sự trở thành đối tác tin cậy của họ chỉ ít năm sau đó. Trong thành tựu xuất khẩu thủy sản của Việt Nam đã in dấu ấn những đóng góp của NAFIQACEN một thời.
Từ lúc ban đầu chủ yếu chỉ tập trung các quy phạm và chương trình đảm bảo chất lượng xuất phát từ những yếu tố bên trong phạm vi các xí nghiệp chế biến, sau này các hoạt động về an toàn vệ sinh thực phẩm thủy sản đã nhanh chóng vươn ra hầu hết các nhân tố bên ngoài liên quan, nhất là khâu sản xuất và cung ứng nguyên liệu.
Kiểm soát điều kiện vệ sinh “từ ao nuôi đến bàn ăn” là câu nói quen thuộc về địa bàn hoạt động của những người làm việc trong lĩnh vực quản lý chất lượng, an toàn thực phẩm thủy sản, mới đầu là đối với nguyên liệu làm hàng xuất khẩu, về sau mở ra áp dụng cả với thực phẩm tiêu dùng trong nước. Truy xuất nguồn gốc trở thành việc làm và thủ tục thiết yếu.
Cùng nhiều nước khác thời đó, ở Việt Nam, ngành thủy sản từ nửa đầu thập niên 1990 đã bắt đầu một cách làm về chất lượng và vệ sinh sản phẩm ngược hẳn với phương thức trước đây, khi chỉ dựa vào kiểm tra sản phẩm cuối (qua “cửa” các KCS) và tiến hành thanh tra theo nguyên tắc truy ngược (retrospective) để từ thực tế “nắn lại” các dây chuyền sản xuất.